Comayagua  y sus alrededores son ricos en tradición histórica desde tiempos precolombinos.  Se sabe que en principio el Valle de Comayagua fue habitado por grupos indígenas de origen Lenca, y era de hecho un espacio de constante tránsito para diversos grupos indígenas.  De esa época aún se preservan vestigios como los encontrados en 1949 a orillas del Río Humuya en Yarumela, La Paz; que incluye ollas y vasijas globulares pintadas de color rojo, agregados de barro e incisiones (Joel Canby 1949).  Sin embargo el asentamiento más destacado en la zona lo constituye la Aldea El Chilcal que data aproximadamente del año 3000aC.

Durante los primeros años de la Colonia, las labores de conquista incluían el sometimiento de cualquier grupo indígena.  Es así como la fundación de Comayagua el 8 de diciembre de 1537, coincidió con la época en que las revueltas indígenas azotaban el centro y occidente del país.  El adelantado don Francisco de Montejo que le dio el nombre de Santa María de la Nueva Valladolid de Comayagua, eligió el valle por varias razones.